磷酸亞鐵鋰離子電池也有其缺點:例如,低溫性能、陰極材料振動密度很小,磷酸鐵鋰離子電池的體積相同的容量比鈷酸鋰等鋰離子電池,所以在微電池沒有優勢。磷酸鐵鋰離子電池在用于動力鋰電池時，和其他電池相同，要面對電池一致性的問題。

鐵元素的威脅

在磷酸鐵鋰燒結過程中，氧化鐵有可能在還原氣氛中高溫還原為單質鐵。簡單的鐵會造成電池的微短路，是電池中最忌諱的材料。這是該材料在日本沒有作為動力鋰離子電池正極材料的重要原因。

性能缺陷

磷酸鐵鋰存在一些性能缺陷，如振動密度低、壓實密度低，導致鋰離子電池能量密度低。低溫性能差，即使是納米碳涂層也沒有解決這個問題。磷酸鐵鋰鋰離子電池測試結果表明，低溫(0℃以下)磷酸鐵鋰離子電池不能用于電動汽車。盡管一些制造商聲稱磷酸鐵鋰離子電池在低溫下具有良好的容量保持率，即放電電流小、截止電壓低的情況下，設備根本無法啟動工作。

高生產成本

材料的制備成本高于電池。磷酸鐵鋰的納濾和碳包覆在提高材料電化學性能的同時，也帶來了能量密度降低、合成成本提高、電極加工性能差、環境要求苛刻等問題。磷酸鐵鋰中的化學元素Li、Fe、P雖然含量豐富，成本低廉，但磷酸鐵鋰的產品成本并不低。即使扣除研發成本，材料的技術成本和電池制備成本也會導致單位儲能成本的新增。

一致性很差

產品一致性差。無論是材料制備，還是制造。產品一致性難以保證，磷酸鐵鋰電壓平臺狹窄，新增了電池觀測的難度。